Pada 1 Disember 1994, SMKBBU, Sekolah Menengah Kebangsaan Bandar Baru UDA telah dibuka bagi sesi persekolahan 1994/1995. Pendaftaran pelajar tingkatan 1 dan 2 telah dijalankan di kantin Sekolah Kebangsaan Bandar UDA (2) pada 30 November 1994. 384 orang pelajar tingkatan 1 serta 166 pelajar tingkatan 2 telah mendaftarkan diri di sekolah campuran ini, SMKBBU. Disebabkan oleh bangunan sekolah yang belum lagi siap, segala pengurusan SMKBBU telah dijalankan secara menumpang di SMK Tasek Utara. Hanya pada 17 April 1995, barulah pengurusan sekolah dijalankan di bangunan baru (di SMKBBU) setelah dipersetujui oleh Jabatan Kerja Raya daerah Johor Bahru yang hanya blok Amanah dan blok Bakti sahaja dibenarkan penggunaannya. Semua pengajaran dan pembelajaran termasuk Sains dan Kemahiran Hidup Bersepadu diajarkan didalam kelas sahaja memandangkan makmal sains serta bengkel Kemahiran hidup Bersepadu belum siap.
SK Kompleks UDA dan SK Bandar UDA(2) merupakan dua sekolah saluran (Feeder School) utama. Kawasan kediaman para pelajar adalah rata-rata tinggal di Bandar Baru UDA (BBU), Taman Skudai Kanan, Kampung Skudai Kiri, Kampung Muafakat dan Kempas. Latar Belakang status sosio-ekonomi keluarga para pelajar SMKBBU adalah berbeza-beza.
SMK Bandar Baru UDA yang dikelilingi oleh kawasan perumahan rumah teres 2 tingkat di Timur, Jalan Padi Mahsuri dan bangunan SBBU di Barat, rumah teres 21/2 tingkat di Selatan serta masjid Jamek dan Sekolah Agama BBU di Utara dengan kemudahan pengangkutan dan awam yang mudah didapati menyebabkan kedudukan sekolah ini strategik.
Projek yang bernilai RM3.8 juta ini telah dibina di bawah projek Pinjaman Bank Dunia,dikendalikan oleh kontraktor Utama Jurusan Sdn.Bhd dan telah dimulakan pada Julai 1993.Sekolah ini,yang terletak di Jalan Padi Ria 1,BBU,berkeluasan 5.1174 hektar (12 ekar).
Fizikal-fizikal yang dibina pula terdiri daripada 2 buah bangunan 4 tingkat iaitu blok A dab blok B, di mana pejabat yang mengandungi bilik Pengetua dan bilik Penolong Kanan, serta 24 buah bilik darjah, bilik guru, bilik mesyuarat, bilik bimbingan dan kaunseling, bilik pengawas, bilik perkembangan staf, bilik solat, bilik kesihatan, pusat sumber, koperasi dan beberapa stor am. Juga dibina dua stor tingkat, iaitu blok Cekap untuk makmal-makmal Sains Tulen dan blok Dedikasi. Bengkel-bengkel Kemahiran Hidup Bersepadu KMT dan ERT,dan bilik Pendidikan seni. Terdapat juga satu blok makmal Sains Pertanian,satu unit pam, satu Sub-Station Tenaga Nasional Berhad dan sebuah kantin.
Satu blok 3 tingkat iaitu blok E telah dibina pada tahun 2002 sebagai bangunan tambahan berikutan bilangan pelajar yang meningkat,menempatkan 6 buah bilik darjah supaya pembelajaran lebih selesa serta satu blok komputer bagi kemudahan pembelajaran warga SMKBBU.
Sebuah surau telah dibina pada akhir tahun 2005,bersebelahan dengan blok D.
Pelan pembinaan dewan telah dimulakan pada 1998 oleh mantan yang di-pertua PIBG SMKBBU, Tn.Hj.Md Noor bin Awang sehingga tahun 2002 dan perjuangan ini telah diteruskan semula oleh Datuk Samsol Bari bin Jamali, Yang di-pertua PIBG yang baru sehingga kini.
Pada Jun 2006 pula pembinaan dewan serbaguna sekolah telah dimulakan yang dimulai dengan perbincangan kali pertama, kedua dan ketiga oleh para AJK Dewan. Diikuti dengan kerja-kerja uji tanah yang menelan kos sebanyak RM2800.00. Kos sebanyak RM1500.00 untuk kerja-kerja pengukuran garisan bangunan (setting out) kali pertama dan kedua serta RM25,000.00 untuk kerja-kerja menanam cerucuk bangunan telah digunakan. Dewan ini yang digunakan untuk pelbagai aktiviti kelab dan perhimpunan rasmi, pada asalnya, dijangkakan siap pada bulan Mei 2007, tetapi disebabkan kekurangan bajet, pembinaan dewan ini siap pada penghujung tahun 2007. Bahagian-bahagian yang belum siap ialah pintu dan tingkap, bajetnya sudah ada,manakala, lantai dan bumbung pula sumbangan bajet masih lagi diusahakan.
2009, sudah 13 tahun SMKBBU beroperasi. Pelbagai perubahan telah berlaku agar sekolah ini bertambah gemilang dan selesa menandingi sekolah-sekolah disekitarnya.Berbagai-bagai kejayaan bidang akademi serta kokurikulum yang menaikkan bidang nama sekolah telah digenggan oleh SMKBBU. Visi "SMKBBU MANTAP DAN HEBAT MENJELANG 2009",telah dijadikan tunggak dalam penekanan kokurikulum berdasarkan aspirasi dan kehendak negara kita,Malaysia.
